La Basilica de San Francisco iba a ser Panteon de los Hombres Ilustres
El 6 de noviembre de 1837 las Cortes Generales votaron el proyecto para convertir la iglesia de San Francisco el Grande en Panteón Nacional de Hombres Ilustres, que acogería los restos mortales de los personajes considerados de especial relevancia en la historia de España, los cuales serían elegidos por las Cortes pasados cincuenta años de su fallecimiento. Cuatro años después, en 1841, la Real Academia de la Historia fue encargada de proponer una primera lista de personajes que debía albergar el panteón, pero no fue hasta el 31 de mayo de 1869 cuando se nombró una comisión a la que se dio un mes para localizar los restos. Esta comisión estaba integrada por Fernández de los Ríos, Salustiano Olózaga, Fermín Caballero, Hartzenbusch, Ruiz Aguilera, Silvela, Estanislao Figueras, Pere Borrell y Antonio Gisbert.
No pudieron ser hallados, y se dieron por perdidos, los restos de Cervantes, Lope de Vega, Luis Vives, Antonio Pérez, Juan de Herrera, Velázquez, Jorge Juan, Claudio Coello, Tirso de Molina, Juan de Mariana y Agustín Moreto. También se buscaron los restos de Don Pelayo, el Cid, Guzmán el Bueno, Murillo, Juan de Juanes, Francisco Vallés, Pedro Melo de Portugal, Jovellanos, el conde de Campomanes, el conde de Floridablanca y Goya. Finalmente, el 20 de junio de 1869, se inauguró el panteón. Formando una comitiva de cinco kilómetros, desfilaron las carrozas fúnebres acompañadas por bandas de música, unidades del Ejército y de la Guardia Civil, estudiantes, religiosos, políticos e intelectuales. Se dispararon cien cañonazos y al entrar los restos en la basílica se encendieron tres grandes lámparas.
Los restos que acogió este primer panteón fueron los de los poetas Juan de Mena, Garcilaso de la Vega y Alonso de Ercilla; los militares Gonzalo Fernández de Córdoba (el Gran Capitán) y Federico Gravina; el humanista Ambrosio de Morales; el Justicia Mayor de Aragón Juan de Lanuza; los escritores Francisco de Quevedo y Pedro Calderón de la Barca; el político Zenón de Somodevilla y Bengoechea (Marqués de la Ensenada) y los arquitectos Ventura Rodríguez y Juan de Villanueva.
Los restos fueron depositados en una capilla y años después devueltos a sus lugares de origen, con lo que se cerró por un tiempo la idea de crear un panteón nacional.
La fortaleza de Julio II ejerció una funcion militar: de hecho, controló el tráfico fluvial que del mar se dirigía hacia Roma hasta cuando dos eventos catastróficos - que tuvieron lugar en los años centrales del siglo XVI - marcaron su declive inexorable. En efecto, si por un lado en 1556 el asedio por parte del duque de Alba causó un daño considerable al sistema defensivo, por otro lado el año siguiente una devastadora inundación del Tíber cambió el curso del río hacia el oeste y por consiguiente la fortaleza perdió su función primaria, es decir el control del río.
